ด้านธรรมชาติ ส่วนใหญ่จะกระจายอยู่ทั่วไปในอุทยาน ได้แก่
1. ลานหินแตก ลักษณะเป็นหินที่มีรอยแตกเป็นแนวเป็นร่อง มอง ๆ ไปเหมือนแผ่นดินกำลังแยก รอยแตกนี้บางรอยก็มีขนาดแคบขนาดพอคนก้าวข้ามได้ แต่บางรอยก็กว้างจนไม่สามารถจะกระโดดข้ามไปถึง คาดคะเนว่าเกิดจากการโก่งตัวหรือเคลื่อนตัวของผิวโลก อยู่ห่างจากฐานพัชรินทร์ ประมาณ 300 เมตร และมีอาณาบริเวณประมาณ 40 ไร่
2. เส้นทาศึกษาธรรมชาติ - ลานหินปุ่ม เส้นทางนี้สามารถเดินได้รอบมีลักษณะเป็นวงกลม ตลอดเส้นทางจะมีความหลากหลายของ พันธุ์ไม้ ดอกไม้ และลักษณะทางธรณีวิทยาที่สวยแปลกตา จุดไฮไลต์คือ ลานหินปุ่ม อยู่ริมหน้าผา ลักษณะลานหินซึ่ง มีหินผุดขึ้นมาเป็นปุ่มเป็นปมขนาดไล่เลี่ยกัน คาดว่า เกิดจากการสึกกร่อนตามธรรมชาติของหิน ทางเดินก็ไม่ลำบากมีป้ายบอกทางชัดเจนไม่ต้องกลัวหลง แต่ถ้าอยากมาชมดอกกุหลาบขาวก็มาเที่ยวช่วงต้นเมษา แต่จริง ๆ แล้วเส้นทางนี้จะสวยที่สุดช่วงฤดูฝน เพราะพันธุ์ไม้ดอกไม้ต่างๆจะพร้อมใจกันบานรอรับนักท่องเที่ยวไม่ว่าจะเป็นดอกลิ้นมังกร เอ็นอ้าขน และพวกดอกตาเหินไหว ขณะที่บีโกเนีย ไม้ดอกไม้ประดับ ที่ขึ้นตามโขดหิน ก็จะพบมากในช่วงเดือน มิถุนายน-สิงหาคมของทุกๆปีเช่นกัน เพราะพืชพวกนี้จะชอบอากาศเย็นและชื้น จึงนับว่าเป็นเส้นทางศึกษาธรรมชาติที่สวยงาม
3. ผาชูธง เดินต่อจากลานหินปุ่ม ห่างประมาณ 500 เมตร ก็จะถึงผาชูธง สามารถเห็นทิวทัศน์ได้กว้างไกล จะสวยงามมากในยามพระอาทิตย์ตกดิน บริเวณนี้เคยเป็นสถานที่ซึ่งพรรคคอมมิวนิสต์ ขึ้นไปชูธงแดงรูปค้อนเคียวทุกครั้งที่รบชนะฝ่ายรัฐบาล ไม่ไกลหันก็ยังผาอื่นๆที่เป็นจุดชมวิวที่สวยงาม
4. น้ำตกหมันแดง เป็นน้ำตกที่มีความงดงามากที่สุดของภูหินร่องกล้า น้ำตกมีชั้นต่าง ๆ รวม 32 ชั้น เป็นชั้นใหญ่ ๆ 9 ชั้น อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติประมาณ 18 กิโลเมตร และต้องเดินเท้าเข้าไปอีกระยะทางไปกลับ 8 กิโลเมตร ใช้เวลาอยู่น้ำตก 1 วันเต็ม ต้องมีเจ้าหน้าที่นำทางเข้าไปเท่านั้น เส้นทางผ่านป่าร่มครึ้มมีกล้วยไม้ป่า ต้นเมเปิ้ล และทุ่งหญ้า ถ้ามีโอกาสได้ไปในช่วงเดือนสิงหาคมของทุกปี บริเวณน้ำตกจะมีดอกลิ้นมังกรสีชมพูบานต้อนรับนักท่องเที่ยวอย่างสวยงาม
5. น้ำตกร่มเกล้า-ภราดร อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติประมาณ 3.5 กิโลเมตร เป็นน้ำตกฝาแฝด 2 แห่ง ที่อยู่ติด ๆ กันมีความสวยงาม แต่จะะต้องเดินตัดลงไปบนทางเท้าที่พึ่งทำขึ้นใหม่เป็นระยะทางประมาณ 800 เมตร ตัวน้ำตกไม่สูงใหญ่นัก แต่สภาพแวดล้อมโดยรอบมีลักษณะเป็นป่าบริสุทธิ์อันงดงามมาก
6. น้ำตกตาดฟ้า เป็นน้ำตกที่สูงมาก ทางเข้ายังไม่สะดวกนักต้องเดินทางไปตามถนนลูกรังประมาณ 1 กิโลเมตร จากนั้นจึงไปตามทางเดินในป่าอีกประมาณ 300 เมตร ถึงด้านบนของน้ำตก และต้องไต่ลงไปตามทางเดินเล็ก ๆ จึงจะมองเห็นความสวยงามของน้ำตก
7. น้ำตกสายฝน น้ำตกน้องใหม่ที่เพิ่งเปิดให้นักท่องเที่ยวเข้าชมเมื่อปลายปีที่ผ่านมา เป็นน้ำตกขนาดเล็ก สูงประมาณ 10 เมตร เวลาหน้าฝนจะมีน้ำมาก อยู่ห่างจากถนนใหญ่ประมาณ 2 กิโลเมตร ใช้เวลาเดินประมาณ 30 นาที บรรยากาศจะเป็นป่าไผ่สลับป่าทึบ เป็นอีกน้ำตกที่สวยงามในอุทยานฯ
ส่วนจุดชมวิวพระอาทิตย์ขึ้น และตกที่สวยงาม อยู่ที่ ภูแผงม้า นี่แหละครับ อยู่ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติประมาณ 28 กิโลเมตร ก่อนถึงภูทับเบิก 2 กิโลเมตร มีจุดชมทิวทัศน์ที่งดงาม มองเห็นทัศนียภาพด้รอบทิศทางสามารถมารอชมพระอาทิตย์ขึ้นและตกได้เลย จริงๆแล้วขึ้นจากภูทับเบิกจะใกล้กว่า รถที่จะขึ้นชมภูแผงม้านั้นต้องเป็นขับเคลื่อนสี่ล้อเท่านั้น รถเก๋งรถตู้จอดที่ลานจอดด้านล่างและเดินขึ้นไปประมาณ 200 เมตร ก็จะถึงจุดที่มีระเบียงยื่นออกไปให้ยืมชมวิวทะเลหมอก บนนี้จะไม่มีบ้านพัก มีเพียงแต่ลานกางเต้นท์ และห้องน้ำเท่านั้น