พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติสตูล คฤหาสน์กูเด็น อีกหนึ่งสถานที่ท่องเที่ยวที่ตั้งอยู่ถนนสตูลธานี ซอย 5 ตรงข้ามกับสำนักงานที่ดินจังหวัดสตูล เป็นอาคารก่ออิฐถือปูน 2 ชั้น อาคารเป็นตึกแบบตะวันตก ประตูหน้าต่างรูปโค้งสถาปัตยกรรมยุโรป
พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติสตูล คฤหาสน์กูเด็น ถูกสร้างขึ้นในแบบหลังคาทรงปั้นหยาแบบไทยและใช้กระเบื้องดินเผารูปกาบกล้วย บานหน้าต่างเป็นแผ่นไม้ชิ้นเล็กๆ เป็นเกล็ดแนวนอน ช่องลมหน้าบนตกแต่งรูปดาวสถาปัตยกรรมแบบอิสลาม สร้างเมื่อ พ.ศ.2441 แล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2459 โดยพระยาภูมินารถภักดี หรือ ตวนกูบาฮารุดดินบินตำมะหงง (กูเด็น บินกูแม๊ะ) เจ้าเมืองสตูลในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
คฤหาสถ์แห่งนี้สร้างขึ้นเพื่อเป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว แต่ไม่ได้ประทับแรม และเคยเป็นบ้านพักและศาลากลางจังหวัด ในสมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 ปัจจุบันเป็นพิพิธภัณฑ์ที่รวบรวมโบราณวัตถุและจัดนิทรรศการให้ความรู้เกี่ยวกับศิลปวัฒนธรรมประเพณีและวิถีชีวิตของชาวสตูลในด้านต่าง ๆ
